Krystal, který Clark odhodil vytvoří obrovskou Pevnost, Pevnost Osamění. Clark v ní promlouvá se svým biologickým otcem, Jor-elem, který mu říká, že se do Smallville vrátit nemůže, ale musí zůstat kvůli výcviku, který musí k záchraně planety, podstoupit. Následně je v Pevnosti transportována Chloe, která se do Pevnosti za Clarkem, vydá též. Ale následně kolabuje, kvůli velké zimě, která v Pevnosti je. Clark ji však svým rychlým během dostane do nemocnice. Jor-el mu sice odejít dovolil, ale pod podmínkou, že se k němu do západu Slunce vrátí, pokud ne, bude za to nést následky. Mezitím je Lana zhrozena, když spatří vesmírou loď, ze které následně vystupují dva Kryptoňani (muž a žena), kteří hledají Kal-ela (Clarka).

Jor-el svůj slib plní a Clarka trestá tím, že mu vezme jeho schopnosti a tím se z něho stává normální žijící bytost. Ale Clark to jako neštěstí nebere, spíše naopak, dokonce začíná chodit s Lanou, protože před ní už nic netají. Nicméně, poté, co Lana, Jonathan a Martha jsou zajati ve svém vlastním domě, Clark s Chloe musí vymyslet způsob, jak svou rodinu, bez svých schopností, zachránit.

Gabriel se zmocní sila, z kterého chce odpálit raketu na Smallville a říká Chloe, že je má šanci se zachránit, jelikož Smallville zmizí na vždy z povrchu zemského. Clark a Lana leží v posteli, po svém prvním milování. Lex probírá s Lanou to, co ví zatím o lodi, kterou viděla. Clark, stále bez svých schopností, pomáhá Chloe Gabriela vystopovat. Lex se neustále snaží Kryptonskou loď otevřít, ale bez úspěchu. Clark pomůže Chloe dostat její auto do příkopu, aby to vypadalo jako nehoda, a tak přilákali Gabriela. Lex chce po Lionelovi, aby mu řekl, co znamenají ty symboly, které všude ve svém nemocničním pokoji po stěnách, kreslí. Gabriel mezitím Clarka postřelí a vezme Chloe do sila. Clark je vzat do nemocnice, kde bojuje o život, ale stejně umírá, tak se v Lionelovi probudí Jor-el a superrychlostní z Belle Reve utíká a běží zachránit Clarka. Veme ho do Pevnosti Osamění, kde mu navrátí život i se svými schopnosti. Lana vysvětluje Lexovi, že Clark je jen normální člověk, nic víc a Chloe říká Clarkovi, že musí Laně odhalit své tajemství, pokud o ní nechce přijít.

V létě na pláži u Kráterového jezera se odehraje napjatá scéna, hlavně, co se týče Lois, která si při skoku do vodu poraní hlavu o kámen. Než ji stihne Clark zachránit, přiřítí se záhadný plavec, který si říká A.C. a Lois z vody vynáší. Profesor Fine říká Clarkovi, že Lex vyrábí podmořské zbraně. A.C. se vloupá do LuthorCorpup, za úcelem zničit jednu z těch zbraní, ale chytí do Lex.

Lana se na poslední chvíli přihlásí na Metropoliskou Univerzitu a je přijata do dívčího spolku. Nicméně, její nové spolubydlící nejsou až zas tak normální, jsou upírky a z Lany taky jednu udělají, poté ji donutí zabít Clarka. Mezitím Chloe navštíví redakci Daily Planet, za úcelem nabídky pracovního místa, ale tzv. šéfka, po ní chce více, než na co Chloe má, alespoň si to o ni redaktorka myslí. Chloe se rozhodne, že ji dokáže, že na to má!

Clark s Jonathanem jsou nadšení, když k ním na farmu přijede jejich starý známý Jake Jennings, Jonathanovo starý přítel, který po nich chce podporuv kampani, ve které se jedná o zvolení do senátu. Nicméně, poté co mladá dívka Melissa ze striptýzového klubu, kam Jake chodil, zemře, stává se jake hlavním podezřelým. Clark s Chloe si vyšetřování berou do vlastních rukou, čímž přemluvení Lois, aby se vydala do toho striptýzového klubu a dělal tam striptérku. Ale trošku se jim to zvrtne, když je synem velice důležitého diplomata, unesena, za úcelem sloužit mu.

Clark je vystaven stříbrnému Kryptonitu, který z něj udělá totálního paranoika. Způsobí mu dokocne to, že si myslí, že Chloe vyzradila jeho tajemství Lionelovi, že Jonathan si s Lionelem plácl na to, že Clarka dostane do laboratoře jako laboratorní krysu, a nakonec se mu zdá, že se Lana líbá s Lexem. Chloe s Kentovými se snaží najít lék, ale nakonec ho zachrání profesor Fine.

Poté, co Martha se Martha nakazí zázračnou chorobou, zbývá jí jen několik hodin života. Clark se obrací na profesora Finea, který přesvědčí Clarka, že za její stav je zodpovědný Jor-el, jeho biologický otec a jediným způsobem, jak ji zachránit, je zničit Pevnost Osamění. Nicméně, jakmile se Fine s Clarkem dostanou do Pevnosti, Fine se pokusí osvobodit Zoda a zabít při tom Clarka.

Lex obdrží obálku s informací, která může Jonathana zničit, doslova zabít, čímž by ublížil Clarkovi a Marthě. Než se stačí rozhodnout, je postřelen a upadá do kómatu. Ve jeho snu ho navštíví jeho matka a ukazuje mu život, který by mohl žít, kdyby se vzdal LuthorCorpu a odešel od otce. V tomto alternativním světě je Lex štastne ženat s Lanou, kde má kluka a ještě nenarozenou holčičku. Mezitím Chloe požádá Clarka, aby doručil jako Santa Claus dárky, jelikož to se svojí superrychlosté stihne za pár minut.

Jonathanovi někdo vyhrožuje, aby odstoupil z voleb, jako výhružku ho zmlátili a pověsili nohama vzhůru na jeho farmě. Později ho Clark nachází a vydává se pátrat po těch, co mu to udělali. Objeví, že to udělala Lexova skupina, která je pro něj schopna udělat cokoli, jen aby Lex vyhrál volby. Loisin život je ohrožen, když je chycena a je jí nařízeno, aby Jonathana při jeho volebním projevu, zastřelila. Lionel nabízí Marthě, že jí finančně pomůže s Lionelovou kampaní.

Dva policejní strážníci – svědkové vesmírné lodi, která přistála během meteoritického deště, vezmou Lexe a Lanu jako rukojmí a vyhrožují jim, že je zabijí, pokud jim Lex neřekne, kde loď ukrývá. Když se snaží skrýt do bezpečné místnosti, Lex schytá kulku, která byla určena Laně. Lana má strach, že by mohl Lex vykrvácet, a tak ho žádá, aby jim prozradil tu tajnou lokaci, kde se vesmírná loď nachází, ale on přiznává, že posledních pár týdnů neví, kde loď je. Mezitím Clark zjistí, že Lana pracuje s Lexem na vyšetřování té lodi a bojí se, že zjistí jeho tajemství.

Clark prozradí Laně své tajemství, Jonathan a Lex zjistí výsledky voleb a stane se na dálnici tragická autonehoda, při která umře jeden z Clarkových milovaných. A zoufalý Clark žádá Jor-Ela o pomoc. Jak mu pomůže, to se dozvíte v epizodě...

Clark zjistí, že nová reportérka Daily Planet s maskou, záhadná žena s jménem Maya, je ta, která v ulicích bojuje v noci se zločinem. Clark, potlačený smutkem a žalem, se snaží pomáhat co nejlépe. Také mezi tím hledá Jonathanovy hodinky, o které okradla Marthu banda zlodějů, když šla odezdat oblečení po zesnulém Jonathanovi do útulku pro bezdomovce.

Duše mladé dívky je vypuštěna do Chloe, aby našla mrtvolu schovanou ve zdi Talonu. Clark musí jít po stopě, aby našel zabijáka, který se živil na úkor dívek z Talonu za posledních deset let. Lois je náhle potom unesena a Clark ji přichází zachránit.

Sympatický doktor propustí napůl člověka, napůl robota na svobodu, jmenuje se Victor, který byl držen v cele a bylo na něm experimentováno za záštitou LuthorCorpu. Při jeho útěku ze zařízení ho Lana srazí svým autem. On si však odejde bez škrábance a Lanu ke všemu odvede do nemocnice, kde okamžitě volá Clarkovi a vysvětluje mu, co se stalo, on za ní později přibíhá do nemocnice. Clark se seznámí s Victorem a slíbí mu, že mu pomůže najít jeho přítelkyni , ale Lex Victora chytí a odvede ho zpět do LuthorCorpu.

Lex objeví profesora Finea a.ka. Braniaca v Hondurasu, kde s ním vede rozhovor. Clark potká nádhernou svůdkyni jménem Simona, která používá magická náhrdelník k ovládání lidí pomocí hypnózy. Tím pádem jí i Clark splní každé její přání. Za nedlouho Simoně odhalí Clark všechna jeho tajemství, čehož Simona využije k zabití Lexe...

Stále bezmocná Lana po rozchodu s Clarkem si zahrává se životem, pomocí nebezpečného séra, které ji napokraj zabije a potom ji vrátí opět zpět mezi živé. Dělá to proto, že na pokraji smrti dokáže vidět své zesnulé rodiče. Clark ji chce od toho zachránit, ale sám skončí infikovaný meteoritem, a ve ‚snu‘ se setkává se svým nedávno zesnulým otcem – Jonathanem, který mu prozrazuje, že Lione Luthor zná jeho tajesmtví. Mezitím se Lionel sbližuje s Marthou.

Clark a Martha si vemou do péče mladou dívku Maddie poté, kdy je její matka brutálně zavražděna. Ale poté, kdy zjistí, že Maddie má schopnost rozbít myslí sklo, se stane hlavní podezřelou z vraždy své matky. Mezitím Chloe nachytá Lexe s Lanou při intimním momentu.

Maskovaný muž bere do zajetí Lionela Luthora a přichystá mu pěknou smršť úkolů, jesti chce přežít a dostat se zpět na svobodu. Poté, co Clark řekne Marthě, že Lionel zná Clarkovo tajemství, přijde za ním, aby to s ním probrala, ale stane se součástí hry maskovaného únosce Lionela a bojuje o život společně s Lionelem.

V Metropolis zachrání Clark život chlápkovi jménem Graham, který se mu odplatí za jeho štědrost. Bohužel zjistíme, že má Graham schopnost se maskovat – být neviditelný a rozhodne se zabít Lexe Luthora, protože si myslí, že se tak může odvděčit Clarkovi. Mezitím si Clark promlouvá s Lanou o jejím vztahu s Lexem.

Clark je zděšen, když na hřbitově vidí ducha svého otce a stává se čím dál tím více zmatený, protože mu Jonathan říká, že musí zabít Lionela Luthora. Mezitím Lex vyvine vakcínu proti Fineovi smrtelnému viru, ale Fine nachází Lexe a vakcínu vstřikuje do Lexe, která na něj má ohromující účinky.

Brainiac je odhodlaný do světa vypustit smrtelný virus, který zabije milióny lidí a Clarkovi nedá vakcínu dokud mu nepomůže vysvobodit generála Zoda. Clark se obrací na Lionela, který je posel Jor-Ela. Mezitím je Lex šokován svými novými schopnosti, které prozrazuje Laně a ta se rozhodne zůstat s ním po boku, i když je zpočátku trochu šokována.