Clark je uvězněn v Zóně Přízraků - kryptonském vězení vytvořeném Jor-Elem. Je bez svých schopností a je obklopen pomstychtivými zločinci, které zde uvěznil jeho otec. Generál Zod, který ovládnul Lexe, drží Lanu v zajetí a vyžaduje od ní, aby mu zplodila dědice. Zod chce změnit planetu Zemi na nový Krypton s pomocí disku z vesmírné lodi. Poté, kdy letadlo s Lois a Marthou havaruje poblíž Pevnosti Osamění, Jor-El prozradí Marthě, jak zabít Zoda. Když Martha mluví s Lionelem zaslechne jejich rozhovor Lana a řekne, že se pokusí zabít Zoda ovšem bez úspěchu. Nakonec Clark zabije Zoda a z Lexe se stane normální občan, jako každý jiný. V Daily Planet se Chloe sejde s dávnou láskou, Jimmym Olsenem a začíná to mezi nimi jiskřit a to se Clarkovi moc nelíbí.

Clark se naučil novou schopnost

Hudební skupina All-American Rejects hraje na Lexově maškarním plese!

Lois na dobročinné akci potká Greena Arrowa a a je svědkem krádeže diamantového náhrdelníku, který patří Lionelovi. Lois slíbí Marthě, že najde zloděje.Clark se rozhodne pátrat a zjístí , že Oliver Queen je Green Arrow, jenž bere bohatým a dává chudým. Mezitím, Lex přesvědčí Lionela, aby mu pomohl zjisitit, jestli je mu Lana věrná.

Ukázka z minulosti odhalí, proč oliver nenávidí Lexe

Clark je celý bez sebe, když zjistí, že Raya dokázala uniknout ze Zóny Přízraků a přišla za ním do Smallville. Sblíží se s Clarkem a ukáže mu jak obnovit Pevnost Osamění. Ovšem, přichází Baern, zabiják ze Zóny Přízraků, který také unikl a chce se pomstít Clarkovi a Raye za jeho uvěznění.

Clark objeví Greena, jak je střelen, když se pokoušel zachránit rukojmí po autonehodě, ale Oliver popírá, že je zraněný. Jakmile se začne na Oliverovi projevovat změna v chování, Clark a Chloe se dají do vyšetřování a objeví, že si vzal látku "nepřemožitelnosti", protože jeho tělo se samo uzdravilo. Mezitím Lana je šokována objevem, který se týká rozpadu jejich vztahu s Lexem.

Clark zjistil, že jeden z přízraků přistál v Seattlu a zabil všechny, kteří pracovali na záoceánské lodi. Při vyšetřování, se Clark setká s děsivým vězněm ze Zóny přízraků(hraje hostující David Michael Bautista), který vysává kosti lidem.Mezitím (Elias Toufexis) pomocí morfia získává schopnost cestovat v čase.Jeho cílem je pomstít se Lexovi tím, že ho uvězní v jiné prostorové dimenzi, kde Lex může vidět a slyšet všechny, ale nikdo nevidí ani neslyší jeho.

Clark je šokován, když objeví, že je ho soused Jed McNally drží dělnické přistěhovalce a nutí je, aby pracovali na jeho farmě.Cítí se vinný, když vidí ilegální přistěhovalce, kteří musí tvrdě pracovat.Clark žádá o pomoc Marthu, která dovolí, aby mladík a jeho matka mohli zůstat ve státech.

Poté, kdy Lana přizná Chloe, že si není jistá, jestli si chce vzít Lexe kvůli tomu, že stále něco cítí ke Clarkovi, nová reportérka pro Daily Planet Linda Lake(hraje hostující Tori Spelling) otiskne celý rozhovor ,který zaznamenala. Chloe je naštvaná, a chce prokázat, že ona Lindě nedovolila, aby něco takového uveřejnila. Při pátrání Chloe objeví, že Linda má schopnost přeměnit se ve vodu a díky této schopnosti má přístup kamkoliv a využívá všechny své informace k uveřejnění do Daily Planet.Mezitím Lois podezřívá Olivera, že zrovna on je Green Arrow a přemlouvá Clarka, aby jí to pomohl zjistit.

Green Arrow posílá pro posily jako jsou Bart Alian ala Flash, Arthur Curry aka Aquamen a Victor Stone aka Cyborg, aby se vrátily do Smallville a pomohly zničit tajnou laboratoř Luthocorpu. Během ničení zařízení laboratoře Luthocorpu,je Bart chycen a mučen Lexem a Clark se ho snaží zachránit, ale byl zastaven meteoritem. Vystrašená Chloe dojde za Oliverem pro pomoc a nově vytvořená „Justice League“ (Liga Spravedlnosti) jde zachránit Clarka a Barta.

Postava z DC komiksu Martian Manhunter přichází Clarkovi na pomoc

Červený kryptonit je opět na scéně a infikovaný Clark políbí Lois a Lanu.

Jimmy se rozejde s Chloe a Lana je pronásledována.

Clark s Chloe narazí na chlapce jménem Tobias (hraje hostující Greyston Holt), který oslepl při meteoritickém dešti a při tom byl obdařen zvláštní schopností a to vycítit „meteoritické zrůdy", čehož samozřejmě využívá Lex Luthor. Lana se o Tobiasovi dozví pravdu a bojí se, že identifikuje Clarka jako „meteoritickou zrůdu“. Lana mu za jeho mlčení nabídne transplantaci rohovek, aby mohl opět vidět. Jelikož není na tak šokující odpověď - že Clark je jedním z „meteoritických zrůd“, od Tobiase připravena.

Nastává den, kdy se Lana s Lexem berou, Lex obdrží telefonát od doktora Langstona, který vyhrožuje, že řekne Laně o jejím dítěti pravdu. Lana si začíná svatbu s Lexem rozmýšlet a když si Clark uvědomí, že může Lanu opravdu navždy ztratit, říká jí svoje tajemství. Ale nikdo není připravený na to, co se stane, když nám do děje vstoupí Lionel Luthor.

Clark s Chloe objeví Titána

Poté, kdy Lex zjistí, že Chloenina matka, Moira, má schopnost ovládat meteoriické zrůdy, vyvine drogu, která ji probudí z katakonického stavu v asylu, kde se nachází a vyhrožuje jí, že zabije její dceru, Chloe, pokud mu nepomůže. Clark pomáhá Chloe dostat se do asyla, a tak zachránit Chloeninu matku, Moiru, kde ji konečně pozná.

Poté, kdy Jodi – žena vojáka útočné jednotky - , nastraží v jedné z Lexových laboratořích bombu, Lionel má četná zranění a z Lexe se stává rukojmí rozzuřené manželky. Tvrdí, že jí Lex unesl jejího manžela, vyhrožuje mu, že vyhodí do povětří celou jeho laboratoř s nimi uvnitř, pokud jí neřekne, kam manžela zašil. Clark neváhá a Lexe chce zachránit, ale narazí na meteority, které ho uzemní. Lex a Clark si uvědomí, že jediným způsobem, jak se odtamtud dostanou živí, je spolupracovat spolu.

Ve zvláštním shotu, který vidíme černobíle, Jimmy vidí Smallville jaký by byl ve 40tých letech. Poté, kdy se Lana tajně setká s Lionelem Luthorem, je střelena v Daily Planet neznámým střelcem. Jimmy je uhozen do hlavy, když se hrabe ve fotografiích z místa činu a sní o roku 1940, ve kterém Lana zavraždila svého manžela Lexe Luthora. Clark pracuje v Daily Planet jako reportér a Lois Laneová je zpěvačka pracující v baru, který vlastní Lionel Luthor. Mezitím (v roce 2007) Clark zjistí, proč si Lana Lexe vzala.

Lex se tajně snaží přeměnit tajného amerického vojáka Wese Keenana do jeho armády super vojáků tím, že mu vpíchne DNA od meteoritické zrůdy, kterou chytil. Poté, kdy zkorumpovaný senátor vyhrožuje Lexovi, že odhalí jeho tajné laboratoře, rozhodne se Lex vydat rozkaz Wesovi, aby senátora zabil, ale Lois je útoku svědkem, a tak se stane vojákovým dalším cílem. Mezitím se Clark snaží přesvědčit Lanu, aby Lexe opustila.

Když Clark zjistí, že Lionel Laně vyhrožoval zabitím Clarka, pokud si nevezme Lexe. Clark jde za Lionelem, aby ho umlčel jednou pro vždy. Lana říká Lexovi, že ho opouští a Martian Manhunter se vrací, aby pomohl Clarkovi zastavit Lexe, který se snaží najít posledního Přízraka ze Zóny Přízraků, aby použil jeho DNA k vytvoření armády super vojáků. Mezitím se Lois vydává to Reevesovy přehrady, kde pátrá po Lexových tajnách taboratořích a při tom jí bodne do břicha jeden z Lexovy ochranky. V tomto díle se dozvíme Chloeninu tajnou schopnost.